Desde la habitación, completamente a oscuras, se escuchaba unos auriculares reproduciendo la Quinta Sinfonía de «Beethoven», a través de un Walkman. Shinji no tenía los audífonos en sus oídos. De hecho, para él, la composición que estaba sonando a escaso volumen se había transformado en una especie de ruido estático con coherencia, armónica y rítmica. Si no apagaba el aparato era porque estaba concentrándose en los acontecimientos del día anterior, y el silencio, como tal, impedía que pensara en otra cosa más allá que en el momento en el que fue abandonado por su padre.
Tumbado boca arriba, con una pierna estirada y la otra contraída, trató de remembrar lo que sintió cuando vio a las reis usadas para el sistema de autopiloto. ¿Fue miedo? Al principio, sí, pero ese terror, rápidamente, mutó en una profunda sensación de tristeza. El solo hecho de pensar que unos seres idénticos a Rei fueran usados para casi asesinar a Toji, y que él fuera, en parte, responsable por haberse subido a la Unidad 01, produjo, en ese instante, que no quisiera seguir viviendo. Asimismo, las lágrimas acudieron a sus ojos cuando vio el tubo, situado en medio de la sala donde se hallaban los clones de la Primera Niña. Aquella probeta gigante, según Ritsuko, albergaba a la chica original. Esa era su casa, donde pasaba la mayor parte del tiempo. Shinji, en aquel momento, no se paró a analizar cómo esa realidad podía explicar el comportamiento social de Ayanami. Los únicos pensamientos que llegó a formular estaban relacionados con su padre: con su crueldad con las personas cercanas a él, su falta de ética y moral, su opacidad como persona y como científico… Mas, ahora, en la soledad de su cuarto, pudo analizar fríamente lo que haberse criado en ese lugar supuso para Rei Ayanami.
«Rei Ayanami no es un robot. Ritsuko confirmó esto al decir que ella tiene alma, pero, su comportamiento, es robótico», pensó Shinji. «¿Es porque ha pasado doce, o trece años viviendo sola, solamente siguiendo órdenes y hablando solo b cuando se lo pedían? En parte, ella es parecida a mí. Yo también vivía así con mis tíos, pero yo no he acabado de esa forma… Supongo que es porque a mí me hablaban sobre más cosas, más allá de mis estudios». Shinji se dio cuenta de que había obviado un detalle importante.
«Claro… Supongo que Rei apenas ha salido al mundo exterior hasta hace poco. O eso creo. Ella, a lo mejor, solo había visto al personal del laboratorio hablando entre ellos, y a Gendo ordenándole cosas y felicitándola de vez en cuando. Tiene sentido. Rei nunca ha hablado con alguien ajeno a las instalaciones de NERV, y nunca ha escuchado conversaciones entre personas comunes. Además, tampoco tiene madre… En eso se parece a mí…». Shinji comenzó a sollozar en silencio, para no despertar a sus compañeros de apartamento.
«Padre… ¿cómo has podido hacerle algo así a una persona? ¿Acaso crees que eres Dios? ¡Te odio! ¡Te he odiado desde siempre! No lo soporto… N-no lo soportaré más… Sí. Pilotaré el EVA una vez más, pero no para seguir tus órdenes o matar a un Ángel. Me importan una mierda los Ángeles o lo que le pase al GeoFront. Yo… ¡Yo voy a pilotar el EVA para hacer que pagues por lo que nos has hecho sufrir a Rei, a Asuka, y a mí!».
Entonces, Shinji trató de dormir, con dificultades, preparado para usar la Unidad 01 en cuanto tuviera la ocasión. No era la primera vez que se había plantado hacer algo así: ya llegó a amenazar al personal de NERV con destrozar el cuartel una vez, cuando descubrió la identidad del piloto de la Unidad 03, Toji Suzuhara. Y estuvo a punto de hacerlo, pero los trabajadores le convencieron para que se bajara del robot y desistiera. Shinji les hizo caso, pues su rabia se debía a una falta de reflexión. Fue una pataleta; un enfado sin un discurso en el que apoyarse. Pero ahora, que había pensado en sus motivos con detenimiento, estaba convencido de lo que quería hacer, y no iba a detenerse por mucho que se lo pidieran. Quería destrozar la pirámide que se alzaba en el centro del Geo-Front: el cuartel general de NERV.